Tra i numerosi musei universitari, quello di Paleontologia è senza alcun dubbio uno dei più interessanti ed importanti sia dal punto di vista didattico-educativo che da quello scientifico.
La materia trattata, la Paleontologia, è quella disciplina delle Scienze della Terra che studia i fossili. I fossili rappresentano un qualsiasi resto di organismi del passato o della loro attività e possono essere una impronta, una tana, una conchiglia, un guscio, un osso, la resina di un albero e così via, ossia tutto ciò che testimonia con la propria presenza che nel passato vi fu la vita. I fossili si trovano generalmente inglobati nelle rocce sedimentarie, ossia in quelle rocce che derivano o dalla precipitazione chimica o dall'accumulo in ambiente marino o subaereo di particelle derivanti dalla disgregazione di rocce preesistenti. Una volta che un resto organico viene sepolto dal sedimento, subisce tutta una serie di trasformazioni chimico-fisiche ad opera dei fluidi circolanti che o lo distruggono o lo preservano appunto come fossile. Per esempio, sono stati trovati gusci che, subendo una sostituzione chimica, si sono fossilizzati addirittura in minerali di ferro, come la pirite o la limonite. Si deve considerare fossile anche un organismo inglobato nel ghiaccio, come i famosi mammut della Siberia che sono stati trovati con la pelle e gli organi interni ancora conservati dopo diversi millenni dalla loro morte.
Con lo studio dei fossili si ricavano preziose informazioni sulle antiche flore e faune che si sono susseguite nel tempo geologico, si ricostruiscono gli antichi ambienti di vita e i climi del passato in base al tipo di associazione faunistica e floristica e si datano in via relativa le rocce in base al principio della sovrapposizione stratigrafica. E' dallo studio dei fossili che la teoria evolutiva degli organismi ha trovato ampie conferme e tratto spunti per nuove ipotesi. Ma la paleontologia ha trovato applicazioni anche nel mondo del lavoro: i microfossili, come i foraminiferi, vengono normalmente utilizzati nella ricerca degli idrocarburi.
Nel Museo di Paleontologia sono depositati principalmente i fossili che sono stati raccolti e studiati dai ricercatori operanti nell'Università di Roma. Un'altra parte delle collezioni proviene da donazioni ed acquisti. Il fossile depositato viene schedato, numerato, eventualmente preparato (la preparazione comprende sia la liberazione dalla ganga che la preservazione) e, qualora rivesta una certa importanza didattico-scientifica, anche esposto. Ogni fossile rappresenta una rarità, ma un particolare valore scientifico assumono i tipi ossia gli esemplari su cui si istituiscono le nuove specie. I tipi, che in generale devono essere stati figurati, sono il più pregiato materiale di confronto e quindi richiedono una particolare cura nella conservazione.
Collezioni e fossili vengono continuamente depositati arricchendo quindi il Museo di nuovo materiale. Tutti i fossili sono a disposizione degli specialisti, sia italiani che stranieri, che ne fanno richiesta. Tale accessibilità alle collezioni è di fondamentale importanza per la ricerca scientifica perché permette lo studio e il confronto di fossili raccolti in differenti località, italiane e non, oppure il confronto con materiale già studiato negli anni passati. Qualora uno specialista o un altro Museo lo richieda, si forniscono anche calchi o si fanno prestiti.
In questo Museo numerose sono le collezioni conservate, tra cui alcune meritano un particolare cenno per la qualità e quantità dei pezzi. E' sufficiente ricordare quella delle ammoniti e dei crinoidi del Giurassico dell'Appennino centrale, quelle dei molluschi del Plio-Pleistocene laziale, quella degli echinidi del Lazio e della Somalia, quella dei briozoi, quella dei celenterati dell'Eocene-Miocene dell'Italia settentrionale, quella delle impronte di tetrapodi del Permiano dell'ltalia nord-orientale, quella dei mammiferi del Quaternario della campagna laziale e quella dei mammiferi nani. Di notevolissima importanza storica e scientifiea e la collezione paleontologica dell'ex Museo Kirkeriano che fu donata al Museo nel secolo scorso. Tale collezione, poiché proviene da quello che è stato il primo Museo di Scienze Naturali del Mondo, assume un grande valore storico. In essa vi sono anche fossili che furono raccolti durante lo scavo delle fondamenta del monastero di San ]acopo di Compostella in Galizia. Tutto questo materiale e impreziosito da svariati manoscritti e cartellini autografi, risalenti anche ai primi del settecento. Tra gli altri spicca un biglietto su pergamena che doveva accompagnare un pesce fossile (qui ancora definito lapis piscis formam inventus in subterranea saxifodina) rinvenuto nel 1706 e inviato, in omaggio al Pontefice Clemente XI, da baroni della Westfalia.
I fossili che sono esposti nelle due sale aperte al pubblico e agli studenti sono sempre accompagnati da un cartellino in cui si specificano il genere e la specie di appartenenza, la località di ritrovamento e l'eta. Inoltre, su richiesta, le visite sono guidate in modo da permettere anche ai neofiti di apprezzare e capire meglio il mondo dei fossili. In particolare, il Museo è di grande utilità per gli studenti universitari, in quanto il loro studio è ampiamente facilitato grazie a vetrine particolarmente descrittive e all'esposizione dei fossili stratigraficamente più importanti.
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